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Estrategias automatizadas para el diagnóstico genético de la Retinosis Pigmentaria
Lunes, 30 de Junio de 2008

Esther Pomares, Universidad de Barcelona

La Retinosis Pigmentaria (RP) es una enfermedad monogénica, pero que puede estar causada por mutaciones en más de 30 genes distintos descritos hasta el presente. El diagnóstico genético-molecular pretende identificar el gen responsable y la mutación patogénica. Este diagnóstico es crucial para confirmar el diagnóstico clí­nico, identificar los miembros portadores de una familia, realizar el diagnóstico prenatal y, en un futuro próximo, inferir la relación genotipo-fenotipo para establecer un pronóstico, y asegurar la eficacia de una posible terapia génica/celular.

El diagnóstico convencional implica analizar manualmente uno a uno todos los genes candidatos. Teniendo en cuenta que el número de genes RP es elevado y que no hay genes mayoritarios ni mutaciones prevalentes, esta aproximación no es factible debido al coste económico y el tiempo necesarios para el análisis. Por estas razones, recientemente se han diseñado nuevas estrategias de diagnóstico automatizado basadas en el uso de chips que se analizan en plataformas de genotipado a gran escala (también denominadas “high-throughput”).

Estos chips se clasifican, según sus caracterí­sticas, en chips de diagnóstico directo o indirecto. En el primer grupo, se incluyen los chips de mutaciones y los chips de resecuenciación, mientras que el segundo comprende los chips de cosegregación.

CHIPS DE DIAGNÓSTICO DIRECTO

Chips de diagnóstico directo

Los chips de mutaciones analizan la mayor parte de las variantes patogénicas descritas de los genes RP y determinan si el paciente tiene alguna de ellas. En la práctica, sólo detectan la causa de la enfermedad en un 25% de los casos, ya que muchos pacientes tienen mutaciones que aún no han sido identificadas. Además, algunos tipos de mutaciones, como inserciones y deleciones (que suponen un 2% del total), no pueden ser analizadas con la metodologí­a de estos chips. A su favor, gozan de un coste económico moderado y tienen un diseño flexible, es decir, se pueden añadir con facilidad las mutaciones que se van describiendo. Otra caracterí­stica favorable es que sólo requieren la muestra de un individuo afecto para poder realizar el estudio.

Los chips de resecuenciación sirven para analizar las regiones codificantes de los genes RP de los pacientes y compararlas con la secuencia del gen normal. Estos chips detectan tanto las mutaciones descritas como las nuevas, pero por limitaciones de la técnica no pueden incluir regiones con similitud a otros genes. Son chips poco flexibles y tienen un coste económico elevado, aunque juega a su favor que sólo requieren la muestra de un individuo afecto para poder realizar el estudio.

Los diagnósticos directos obtenidos con estos dos tipos de chips deben ser verificados de forma manual, ya que las plataformas cometen un pequeño error de genotipado (entre el 1-2%).

CHIPS DE DIAGNÓSTICO INDIRECTO

Chips de diagnóstico indirecto

Los chips de cosegregación que hemos diseñado analizan todos los genes RP y LCA (Amaurosis Congénita de Leber) descritos hasta el momento, y se basan en una estrategia de cosegregación con marcadores genéticos tipo SNP muy cercanos a los genes candidatos. El uso de estos marcadores resuelve la problemática del análisis de de genes que comparten similitud con otros genes. Son chips de inclusión o exclusión de genes, que actúan como un cedazo, descartando los genes que no son causantes de la patologí­a en una familia y señalando los posibles candidatos, independientemente de si los afectos presentan mutaciones conocidas o nuevas. En una segunda fase, los genes candidatos deben ser analizados para determinar si alguno de ellos es el causante de la patologí­a. Es importante remarcar que estos chips requieren un estudio familiar, por tanto, no son válidos para muestras aisladas salvo algunas excepciones. A su favor, este mismo estudio familiar identifica en un solo análisis los miembros de la familia que son portadores y, por tanto, pueden transmitir la enfermedad a sus descendentes. Son chips muy flexibles y relativamente económicos, teniendo en cuenta que se trata de un análisis familiar.

Estos chips de diagnóstico se han diseñado en la Universidad de Barcelona, donde se realiza el diagnóstico molecular de la RP y LCA, tanto para las formas dominantes como las recesivas. Para más información sobre el diagnóstico genético se recomienda consultar la siguiente página web: www.origogen.com

Un comentario sobre “Estrategias automatizadas para el diagnóstico genético de la Retinosis Pigmentaria”

  1. retinosis.org » Archivos del Sitio » Sumario Visión nº 32 dice:

    […] Un Centro de Investigación en Parí­s se dedicará a trasladar un tratamiento prometedor a ensayos clí­nicos […]

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